进口设备补缴的增值税能不能抵扣?

可以抵扣。

根据《国家税务总局关于进口免税设备解除海关监管补缴进口环节增值税抵扣问题的批复》(国税函〔2009〕158号)规定，根据海关进口货物减免税管理规定，进口减免税货物，应当由海关在一定年限内进行监管，提前解除监管的，应向主管海关申请办理补缴税款。纳税人在2008年12月31日前免税进口的自用设备，由于提前解除海关监管，从海关取得2009年1月1日后开具的海关进口增值税专用缴款书，其所注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。